1. Le Congrès
Le congrès est l'organe suprême de l'association. Il détermine l'orientation de celle-ci. Il est composé des représentants des sections, des sous comités, des secrétaires, régionaux, des membres du CA, du CE, du CCC, du Président de l'Amicale des Anciens de l'AEEMCI, de l'imamat central de l'AEEMCI et du Conseil Consultatif.

2. L'Assemblée Générale (AG)
L'Assemblée Générale est l'organe de synthèse des activités de l'Association entre deux congrès. Elle est composée des membres du CA, du CE, du CCC, des représentants des Sous Comités, des secrétaires régionaux, du président de l'Amicale des Anciens de l'AEEMCI,
de l'Imamat central et du Conseil Consultatif.

3. Le Conseil d'Administration (CA)
Le Conseil d’Administration est composé de sept (7) membres dont quatre (4) choisis au
sein de l’Amicale des Anciens de l’AEEMCI (3A) et trois (3) au sein de l’AEEMCI. Les
quatre des 3A sont choisis par le président des 3A et les trois (3) de l’AEEMCI par l’Amir sortant. Tous ces choix sont entérinés par le congrès. Le Président du CA est choisi par le comité de choix parmi les sept (7) membres qui composent le CA. Son choix est entériné par le congrès.

4. Le Comité Exécutif (CE)
Le Comité Exécutif est l’organe d’exécution des décisions du congrès. A ce titre, il est chargé de la gestion de l’association. Il est régi par un règlement intérieur. Il est composé de 19 membres :

• 1 Amir;
• 1 Vice Amir;
• 1 Vice Amirate;
• 1 Secrétaire National chargé des Affaires Financières (SENAFI) et 1 adjoint;
• 1 Secrétaire National chargé des Affaires Administratives (SENAFAD) et 1 adjoint ;
• 1 Secrétaire National chargé de la Formation de la Culture (SENAFOCU) et 1 adjoint ;
• 1 Secrétaire national chargé des loisirs et du Sport (SENALOS) et 1 adjoint;
• 1 Secrétaire Nationale chargée de la Cellule Féminine (SENACEF) et 1 adjointe ;
• 1 Secrétaire National chargé des Affaires Sociales (SENAFS) et 1 adjoint ;
• 1 Secrétaire National chargé de la Mobilisation et de l’Organisation (SENAMO) et 1 adjoint ;
• 1 Secrétaire National chargé de la Communication et des Relations Extérieures
(SENACREX) et 1 adjoint.

L'Imarat
* L’Amir de l’AEEMCI est désigné au congrès par un comité de choix présidé par l’Imam et composé du président du CA sortant, du président des 3A, de l’Amir sortant, d’un membre du CCC sortant et du président du congrès en cours.
* Deux (2) mois au moins avant la fin du mandat en cours, le CE sortant et les sous comités peuvent faire des propositions au comité de choix de l’Amir.
* Les organes de base (sections et sous comités) font leurs propositions par l’entremise des secrétariats régionaux.
* Les organes centraux de l’AEEMCI (CA, CE et CCC) font leurs propositions directement au comité de choix.
* Son mandat est de deux (2) ans non renouvelables.
* Il doit être majeur, de bonne moralité et résider au lieu du siège.
* Il doit disposer d’une instruction islamique suffisante.
* L’Amir de l’AEEMCI représente l’association dans la vie civile.
* Il nomme et démet les membres de son bureau.
* Il doit être majeur, de bonne moralité et résider au lieu du siège.
* Il doit disposer d'une instruction islamique suffisante.
* L'Amir de l'AEEMCI représente l'association dans la vie civile.
* Il nomme et démet les membres de son bureau.

5. Le Commissariat Central aux Comptes (CCC)
Le Commissariat Central aux Comptes est l’organe de contrôle de la gestion des biens matériels et financiers de l’association. Il est composé de trois (3) membres désignés par le congrès sur proposition des congressistes. Au moins deux (2) membres du CCC doivent résider au lieu du siège. Les organes centraux de l’AEEMCI (CA, CE et CCC) font leurs propositions directement au comité de choix. Leur mandat qui est de trois (3) ans n’est pas renouvelable.

6. Conseil Régional
Le conseil régional est l'assemblée délibérative des sous comités d'une région. Il est dirigé par un secrétariat régional Le Secrétariat Régional (SR) est composé du Secrétaire Régional et de ses deux adjoints. Le Secrétariat Régional est l'organe d'exécution des décisions du CE et du Conseil Régional. Il coordonne les activités de ses sous comités. Le Secrétaire Régional est nommé par l'Amir sur proposition des sous comités. Il est le premier responsable de l'Association dans sa région. Le Secrétaire Régional peut se faire aider par d'autres membres.

7. Le Sous Comité
Le Sous comité est un regroupement de sections dans une localité. En cas de nécessité, le CE peut créer plusieurs sous comités dans la même localité. Le Sous Comité est dirigé par un bureau. Il est dirigé lui-même par un président élu en assemblée générale ordinaire du Sous Comité. Le bureau du Sous Comité coordonne les activités entre les Sections d'une même commune. Le bureau du Sous Comité est composé de quinze membres issus des Sections de la commune. Il est constitué comme suit :

• 1 Président
• 3 Vice-présidents dont une soeur chargée des affaires féminines
• 1 Secrétaire général
• 2 secrétaires généraux adjoints
• 1 trésorier général
• 1 trésorier général adjoint
• 2 délégués culturels
• 2 délégués sociaux
• 2 délégués à la mobilisation et à l'organisation.

Deux commissaires aux comptes désignés par l'AG du S/C veillent sous l'autorité des 3
commissaires centraux aux comptes au contrôle de la gestion des biens matériels et
financiers.