Le but c'est l'objectif premier qui pousse à la création d'une structure. Les premières contradictions ou enjeux qui ont occasionnés la création d'une structure peuvent être dépassés avec le temps. Pour ne pas donc sombrer dans la léthargie celle-ci doit se mettre au diapason des nouvelles contradictions ou enjeux. C'est pourquoi, l'AEEMCI se donne pour but de : ​

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•  Susciter et sauvegarder la foi et la croyance en ALLAH le Dieu Unique ;
•  Créer des relations de solidarité et de fraternité entre les Elèves et Etudiants Musulmans de Côte d'Ivoire et d'ailleurs ;
•  Sauvegarder et défendre les intérêts de ses membres et en cas de nécessité ceux de la communauté musulmane ;
•  Contribuer à une meilleure pratique de la religion musulmane ;
•  Former des citoyens capables de promouvoir l'islam ;
•  Constituer un pôle d'excellence dans les études scolaires et universitaires ;
•  Contribuer à la promotion des droits de l'homme
•  Lutter contre les fléaux sociaux (VIH/SIDA et les autres pandémies, pauvreté etc.)
•  Lutter pour une scolarisation des enfants et surtout de la jeune fille.
•  Lutter contre le chômage des diplômés

Pour pouvoir atteindre ses objectifs L'AEEMCI dispose les moyens suivants :

•  l'instruction religieuse et académique.
•    les manifestations culturelles    (Séminaire, théâtres, sorties, conférences…)
•  la sensibilisation, l'information et la    formation générale de ses membres.
•    la publication d'ouvrages islamiques.
•  Le plaidoyer.